A Saint Thomas d’Aquin les élèves suivent l’option bilangue dès la 6ème. Les élèves sont invités à choisir entre l’allemand et l’espagnol, à raison de 2 heures par semaine, en complément de la première langue (Anglais) qui est enseignée 4 h par semaine. Les langues choisies en 6ème seront poursuivies tout le long de leur scolarité.
Il leur est également possible de suivre des cours de basque, pour ceux qui l’étudiaient déjà à l’école primaire, à raison de 2 heures par semaine.
A partir de la 5ème, il est également possible de suivre une option latin.
En 4ème, il est possible d’intégrer la section européenne anglais, sur sélection. Elle s’adresse avant tout à des élèves motivés et désireux d’approfondir leur maîtrise de l’Anglais ; il s’agit d’un cycle de deux ans durant lequel les élèves suivront deux heures de cours supplémentaires par semaine : 1h d’anglais + 1h de conversation. Ils peuvent également bénéficier de propositions culturelles et pédagogiques spécifiques.